שלא כדעת הצדוקים שטעו לומר שמדובר בשבת-בראשית, חז"ל הקדושים קיבלו שמשמעות המילים "ממחרת השבת" הינה שמדובר ביו"ט. בפסח יש 2 ימים-טובים שהשני בהם הוא שביעי-של-פסח.. מדוע נקבעה תחילת הספירה דווקא למחרת יו"ט ראשון ולא ממחרת שביעי-של-פסח ?

שלום חז"ל פירשו את ה'שבת' שנזכרה בפסוק "ממחרת השבת", במובן של יום טוב ראשון של פסח, ולא היום השביעי בשבוע (כדברי הצדוקים). כלומר שיש להביא את העומר ביום השני של פסח, ט"ז בניסן, א' חול המועד בארץ ישראל, שהוא היום ממחרת לחג. כפי שנאמר: דַּבֵּר אֶל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל, וְאָמַרְתָּ אֲלֵהֶם, כִּי תָבֹאוּ אֶל הָאָרֶץ אֲשֶׁר אֲנִי נֹתֵן לָכֶם, וּקְצַרְתֶּם אֶת קְצִירָהּ, וַהֲבֵאתֶם אֶת עֹמֶר רֵאשִׁית קְצִירְכֶם אֶל הַכֹּהֵן, וְהֵנִיף אֶת הָעֹמֶר לִפְנֵי ה', לִרְצֹנְכֶם, מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת יְנִיפֶנּוּ הַכֹּהֵן. פירוש זה נלמד ממקורות שונים והחשוב בהם תיאור הפסח הראשון בארץ ישראל, על פי הכתוב בספר יהושע (פרק ה'): "וַיַּחֲנוּ בְנֵי יִשְׂרָאֵל בַּגִּלְגָּל, וַיַּעֲשׂוּ אֶת הַפֶּסַח בְּאַרְבָּעָה עָשָׂר יוֹם לַחֹדֶשׁ, בָּעֶרֶב, בְּעַרְבוֹת יְרִיחוֹ. וַיֹּאכְלוּ מֵעֲבוּר הָאָרֶץ (לפי חז"ל: ממה שגדל בארץ) מִמָּחֳרַת הַפֶּסַח: מַצּוֹת וְקָלוּי, בְּעֶצֶם הַיּוֹם הַזֶּה. וַיִּשְׁבֹּת הַמָּן מִמָּחֳרָת בְּאָכְלָם מֵעֲבוּר הָאָרֶץ, וְלֹא הָיָה עוֹד לִבְנֵי יִשְׂרָאֵל מָן - וַיֹּאכְלוּ מִתְּבוּאַת אֶרֶץ כְּנַעַן בַּשָּׁנָה הַהִיא". תיאור זה מתאר את אכילת ה'חדש' בפעם הראשונה בארץ ישראל. את הביטוי 'ממחרת הפסח' בספר יהושע - ניתן להבין כדעת חז"ל, שמדובר ביום ט"ז בניסן, אחרי היום של הפסח, ובו מתואר הקיום של הכתוב בפרשית המועדים בפרשת אמור: מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת. [היה ניתן לפרש את הביטוי "ממחרת הפסח" אחרי הקרבת קרבן הפסח - שהיה בשעות הערב של י"ד, 'ממחרת' - כלומר ביום הראשון של חג המצות, בט"ו בניסן! וכך למד ר"ת (בתוס' בקידושין דף לז/ב ד"ה בשלמא) שכוונת הפסוק ביהושע היא שממחרת הפסח - ממחרת הקרבת קרבן פסח (יום טו), עדיין אכלו מצות מהיבול הישן, אבל ביום טז אכלו קלוי וזה היה בעצם היום הזה. ר"י חולק (שם) על ר"ת ומסביר שמחרת הפסח משמעותו טז ניסן, ויש לחלק בין לשון המקרא שבו ממחרת הפסח היינו קרבן פסח, ואילו מחרת הפסח המופיע ביהושע פרושו ממחרת אכילת קרבן פסח הנאכל בטו ניסן, ולפיכך ממחרת הפסח משמעותו טז בניסן.] יום טוב