האם זה שאני קם ומתעורר תוך כדי השינה זה אומר שכל פעם צריך לומר ק"ש מחדש? והאם צבע שנשאר בצפרניים בחלק הפנימי נחשב כחציצה בנטילת ידיים?

לא, רק בתחילת הלילה. הצבע לא נחשב כחציצה לעניין נטילת ידיים.