ישיבת מרכז הרב: הבדלים בין גרסאות בדף

ישיבת מרכז הרב במשכנה הנוכחי ברחוב הרב צבי יהודה בשכונת קרית משה

"הישיבה המרכזית העולמית מיסודו של מרן הרב אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל", (הנקראת מרכז הרב או "מרכז" במלעיל), היא ישיבת הדגל של הציונות הדתית לאומית.

ישיבת "מרכז הרב" נוסדה ע"י הרב הראשי הראשון של ארץ ישראל הרב אברהם יצחק הכהן קוק (הראי"ה) בשנת ה'תרפ"ד. הישיבה ממוקמת כיום בירושלים בשכונת קרית משה, ברחוב הרב צבי יהודה. בעבר היא שכנה בבית הרב, שברחוב הרב קוק, במרכז העיר, בין רחוב יפו לשכונת גאולה.

הישיבה נחשבת "לאם הישיבות הציוניות" ולמגדלור הרוחני של התנועה הציונית דתית בכלל, זאת משום שרוב הישיבות הציוניות שקיימות היום, הוקמו ע"י רבנים שלמדו בה, או תלמידים של רבנים שלמדו בישיבת מרכז הרב.

יסודה

חלום הקמת ישיבה בירושלים ליוה את הרב קוק כבר בהיותו צעיר לימים. גם כשכיהן כרבן של יפו והמושבות (תרס"ד - תרע"ד). בשנת תרע"ט נתמנה להיות רבה של ירושלים, ולאחר מכן נבחר לכהן כרב הראשי האשכנזי הראשון של ארץ ישראל. במסגרת תפקידו ביקש להקים תנועה בשם "דגל ירושלים" אשר אחת ממשימותיה העיקריות היו הקמת ישיבה שתהווה מרכז רוחני אוניברסלי שתאופין בשילוב תורת ישראל עם תחיית האומה בארץ ישראל. הישיבה בחזונו של הרב קוק היתה יעד לאומי ממדרגה ראשונה.

ניצניה הראשונים של הישיבה החלו בשנת תרפ"א בחוג מצומצם של כ-25 תלמידים שהגיעו מישיבות ירושלמיות והתכנסו יחדיו על מנת לשמוע שיעורים מהראי"ה בהלכה ובאגדה. אולם, בעיות כלכליות מנעו את פתיחת הישיבה במשך כשנתיים, עד שהנדיב הרי פישל, בנה את "בית הרב" ובו גם בית מדרש. ביום י"ב בסיון תרפ"ג נערכה חנוכת בית הרב. בבית זה נקבע דירתו הפרטית של הרב, בית המדרש ללימוד תורה ותפילה, חדר קבלת אורחים וחדר לימוד פרטי. בשנת תרפ"ד הוקדש בית המדרש למשכנה של ישיבת "מרכז הרב".

בזכרונותיו של הרב דוד כהן ("הרב הנזיר"), שהיה תלמידו המובהק של הראי"ה, משנת תרפ"ג ישנה עדות מרגשת על הניצנים הראשונים של כינון הישיבה: "בקיץ שעבר ואני יושב בבית המדרש סגור ומסוגר, עטוף בטלית ותפילין ושוקד על תלמודי בקול ניגון ערב והנה דופקים בדלת, ואפתח דלתות בית המדרש, והנה שני צעירים לקראתי, ואשאלם, מה אתם רוצים? ללמוד - היתה התשובה. אז אמרתי למזכיר הישיבה ומייסדה, הרב יצחק לוי, הנה הזדמנות ראשונה לפתיחת הישיבה ויסודה, ויעדתיו לפנות מיד בזה אל הרב... כך הונח היסוד הראשון ונפתחה הישיבה".

ישיבת מרכז הרב במשכנה הראשון ב"בית הרב" ברחוב הרב קוק בשכונת גאולה בירושלים

הישיבה בימי הראי"ה

תוכנית הלימודים ומגמות החינוך בישיבה נכתבו לראשונה באחד מערבי חנוכה בשנת תרפ"ב על-ידי הרב הנזיר, על פי בקשת רבו. תוכנית זו היתה מקיפה מאד והיוותה חידוש נועז ומרחיק לכת בעולם הישיבות של היישוב הישן. חדשנות זו מתבטאת הן בהיקף הידיעות שנדרשו מתלמידי הישיבה בתחומי הנגלה (תלמוד בבלי, הלכה) והנסתר(לימוד קבלה), והן בתכני הלימוד עצמם שכללו לימוד תנ"ך, התמודדות עם בקורת המקרא והעמקה במחשבת ישראל לדורותיה.

הלימוד בישיבה היה בדומה ללימוד בישיבות המסורתיות הרגילות, בש"ס ובפוסקים, אך הונהג בה חידוש מהפכני, בכך שהיו בה מספר שיעורים בנושאי אמונה, שניתנו בעיקר על ידי הראי"ה והרב הנזיר. בישיבה לימדו גם הרב יעקב משה חרל"פ, רבה של שכונת שערי חסד בירושלים, הרב שלום נתן רענן חתנו של הראי"ה ועוד. כראש ישיבה, לצד הראי"ה], התמנה הרב ‏אברהם אהרון בורשטיין, "הגאון מטבריג", שעלה לארץ בשנת תרפ"ד, ולשעוריו הגיעו רבים מתלמידי החכמים שבירושלים, גם כאלה שלא היו קשורים לחוגי הישיבה. בתקופה זו היו מגעים להזמנתו של הרב שמעון שקופ לשמש בצוות ההוראה של הישיבה, אך לבסוף לא יצא הדבר לפועל. כמו כן מצוי מכתב, שבו ביקש הרב יחזקאל אברמסקי, בהיותו בלונדון, לשמש כר"מ בישיבה.

הלימוד עצמו בישיבה היה בנוי בצורה שכל אחד מהתלמידים למד מסכת שבה לבו חפץ, והלימוד היה עצמאי לגמרי ונטול פיקוח. בערבים התקיימו שיעורי הרבנים, והמעוניינים בכך יכולים היו להשתתף בהם. הראי"ה נשא לעתים את שיעורו בפלפול תלמודי במשך שעות, עד חצות הלילה, כשהוא מדבר בקול נמוך ובמהירות רבה. נושא השיעור היה מפורסם מראש, שכן נדרשו ימים של הכנה כדי לאפשר את הבנתו.

עם הקמתה מנתה הישיבה כמה עשרות תלמידים, והיא גדלה מעט במשך השנים. חלק מהתלמידים היו בוגרי ישיבות מפורסמות ברוסיה, פולין וארצות אחרות, והגיעו לישיבה מלאים במטען תורני רב היקף, אולם חלק מהתלמידים הגיע כשהם בעלי רקע בסיסי בלבד.

לישיבה הגיעו עילויים מובחרים מישיבות אירופה ובעיקר מפולין וליטא כגון ישיבת טלז (בראשות הרב יוסף יהודה לייב בלוך ובה לימד גם הרב שקופ), ישיבת כנסת ישראל (המשכה העיקרי בישיבת חברון וכן בישיבת סלבודקה ובראשה עמד הרב נתן צבי פינקל), ישיבת כנסת בית יצחק (בראשות הרב ברוך דוב ליבוביץ), ישיבת קלאצק (בראשות הרב איסר זלמן מלצר והרב אהרן קוטלר), ישיבת מיר (בראשות הרב אליעזר יהודה פינקל), ישיבת ראדין (בראשות הרב נפתלי טרופ והרב ישראל מאיר הכהן-בעל החפץ חיים), וישיבת מינסק (בראשות הרב יהושע צימבליסט). לצידם, תלמידים מובחרים מישיבות ירושלים כמו ישיבת עץ חיים (בראשות הרב מלצר לאחר שעלה לארץ), ישיבת תורת חיים (בראשות הרב זרח אפשטיין והרב שמחה וינוגרד - הגיס והאח של הרב יצחק והרב יוסף אליהו וינוגרד שייסדו את הישיבה) וישיבת מאה שערים (בראשות הרב יצחק יעקב וכטפויגל).

על גדולי תלמידי הישיבה בזמן הרב קוק נמנו: הרב אליהו יצחק פריסמן^[1], הרב יצחק זונדל ריף^[2], הרב שמעון סטרליץ^[3], הרב שלום נתן רענן^[4], הרב משה דוד בקשט^[5], הרב שמואל אליעזרי^[6], הרב יצחק שולזינגר^[7], הרב בנימין צבי רבינוביץ תאומים^[8], הרב שלום אליהו ננקנסקי, הרב יהודה גרשוני^[9], הרב שאול ישראלי^[10], הרב יעקב ז'ולטק^[11], הרב שמעיה שאנן^[12] הרב מאיר הכהן קפלן^[13] והרב שבתי שמואלי^[14].^[15]

יחד עם זאת, המצב הכלכלי של הישיבה לא איפשר לה להתפתח, ובשלב מסוים נמנעו מלקבל תלמידים חדשים אלא אם כן הם שילמו על מחייתם בעצמם (בניגוד למקובל באותה תקופה). בעקבות מסעות התרמה שנערכו בארצות הברית השתפר המצב הכלכלי, והישיבה התרחבה והגיעה לשמונים תלמידים. אולם בשל מאורעות תרפ"ט (1929) והמשבר הכלכלי העולמי, המצב הכלכלי הקשה של הישיבה נמשך עד לפטירת הראי"ה בשנת תרצ"ה (1935).

יחסו החיובי של הראי"ה קוק לישוב ארץ ישראל, השקפתו הלאומית-דתית ויחסי הקירבה שרחש לציבור החילוני, השפיעו במידה רבה על חלק מבני הישיבה להשתתף בפעילות אקטיבית במחתרות, ואחדים הפכו להיות דמויות מפתח בהתארגנויות אלו, כשהמפורסם ביניהם הוא תלמיד הישיבה דוד רזיאל הי"ד, מפקד האצ"ל. התגייסות משמעותית חלה בעקבות מאורעות תרפ"ט (1929).

בשנת תרצ"ב הקים מרן הרב זצ"ל את מכון הרי פישל לדרישת התלמוד, כדי לתת מענה לצורת הביקורת המדעית של האוניברסיטה העברית על ידי לימוד מדעי ביקורתי הנעשה מתוך כבוד וקדושה.

ב-ג' באלול תרצ"ה הסתיים פרק רב משמעות בחייה של הישיבה, עם הילקחו של הרב קוק לגנזי מרומים. צער עמוק ליוה את תלמידי הישיבה, אך יחד עמו תחושת שליחות ורצון לממש את החזון הגדול שטווה הראי"ה קוק.

הישיבה בימי הרב יעקב משה חרל"פ

הרב יעקב משה חרל"פ, רבה של שכונת "שערי חסד" בירושלים ו"איש ברית קדשו" של מרן הרב זצ"ל, ששימש כראש הישיבה עוד בתקופת חייו של הראי"ה קוק, המשיך בתפקידו זה גם לאחר פטירתו של מרן הרב זצ"ל. מצבו הבריאותי המעורער של הרב חרל"פ הוסיף קושי על המצב הכללי הירוד של הישיבה בתקופה זו, שהיתה קשה ליישוב היהודי כולו, בשל התנכלות הערבים והשפל הכלכלי.

בשנת ה'תש"ה (1946), בעקבות בקשתו של הרצי"ה, הצטרף הרב אברהם שפירא, שלימים שימש כראש הישיבה ורב ראשי לארץ ישראל, לצוות הישיבה. בשנת ה'תש"ח, בפרוץ מלחמת העצמאות, גוייסו רבים מבני הישיבה ושרתו במסגרת "ההגנה" ולאחר מכן בצה"ל. בז' בכסליו ה'תשי"ב (1952) נפטר הרב יעקב משה חרל"פ. מעט לפני כן, אחר שחלה הרב חרל"פ במחלתו האחרונה, החל הרב אברהם שפירא להעביר שיעורים כלליים בישיבה.

הישיבה בימי הרב צבי יהודה הכהן קוק

עם פטירתו של הרב יעקב משה חרל"פ, בשנת ה'תשי"ב, החל למלא את תפקיד ראש הישיבה בנו של הראי"ה, הרב צבי יהודה, כשמנהל הישיבה היה הרב שלום נתן רענן, חתנו של הראי"ה.

בתקופה זו הגיעה לישיבה קבוצה ראשונה מבני הישוב החדש, מתלמידי ישיבת כפר הרא"ה, בראשות הרב יעקב כלאב, אשר הגיעה לירושלים כדי להקים את ישיבת משכן ישראל, והשתלבו בישיבת מרכז הרב. בין התלמידים של אותה קבוצה נמנו הרב דב ליאור, הרב פרופ' נחום רקובר, הרב יהושע רוזן, וחברים נוספים שנודעו לאחר מכן כרבני הציבור. הם הפצירו ברב צבי יהודה שילמדם את משנתו של הראי"ה, וכך נקשרו לתורתו של מרן הרב זצ"ל.

כשנתיים לאחר מכן, הגיעה לישיבה קבוצה של חברי גחל"ת (גרעין חלוצי לומד תורה), בני שבט "איתנים" של בני עקיבא, וגם הם תרמו תרומה מכרעת לביסוסה של הישיבה. צעירים אלו, שהיו חדורי חזון וארצישראליות, והיתה להם השפעה רבה בסניפים, ראו ברצי"ה קוק את מורם ורבם, ובכך הפכוהו לדמות דומיננטית יותר בצוות ההוראה ובקרב בני הנוער של הציונות הדתית בכלל.

בשנת ה'תשי"ט (1959) פנה הרב צבי יהודה אל הרב שאול ישראלי וביקשו כי ישא שיעור כללי בישיבה, בנוסף לשיעור הכללי שנשא באותה העת הרב אברהם שפירא. על אף עיסוקיו הרבים, ולאחר ששימש תקופה ארוכה כרבו של מושב כפר הרא"ה בעמק חפר, הסכים הרב ישראלי לקבל אחריות זו ונשא בה עד סוף ימיו.

ב-ה' באלול ה'תש"ך (1960) הונחה אבן הפינה לבניינה החדש של הישיבה, ובחודש אלול ה'תשכ"ד (1964) החלה ה"ישיבה המרכזית" את לימודיה במבנה החדש בשכונת קרית משה בירושלים. הישיבה הכפילה את מספר תלמידיה והגיעה לכמאתיים תלמידים. מערך השיעורים התרחב וכלל שיעורים של הרצי"ה בענייני אמונה, שיעורים של הרב דוד כהן ("הרב הנזיר") בספר "אורות הקודש", שיעור תלמודי מפי הרב מרדכי פרום, שיעור כללי מפי הרב אברהם שפירא וכן מפי הרב שאול ישראלי, שיעור בתנ"ך מפי הרב יהושע בכרך ושיעור בענייני מוסר מפי הרב שלום נתן רענן, ששימש כמנהל הישיבה. שיעוריו של הרצי"ה התפרסו על פני קשת רחבה של נושאים, אך בשיעורי פרשת השבוע שקיים בכל מוצאי שבת, נתגלה כוחו בכל תוקפו. מטרת השיעור היתה לראות את המגמה הכוללת המסתמנת לאורך פרשיות התורה, ובתוך הדברים היה הרב מתרכז ברעיונות מרכזיים שהיוו עקרונות יסוד בגיבוש עולמם של תלמידי הישיבה. מרכיב משמעותי בתהליך ההשפעה החינוכית של הרב צבי יהודה קוק היתה הדוגמא האישית. יעידו על כך הספרים הרבים ודברי הזיכרון אודותיו, המדגישים את הפן האישי, החווייתי.

הרב צבי יהודה עצמו היה מעביר שיעורים לבני הישיבה בשעות הצהרים. השיעורים היו בספר הכוזרי, מסילת ישרים, ובספר אורות, אורות התורה, ואורות התשובה. בימי רביעי אחר הצהרים היה שיעור מיוחד באורות הקודש, שאליו הורשו להיכנס רק תלמידים מבוגרים, ובהם רבני ערים וישובים, רמי"ם וראשי ישיבות. גולת הכותרת של השיעורים היה השיעור בפרשת השבוע שנערך במוצאי שבת, אליו היו מגיעים המונים, והוא הועבר באמצעות טלוויזיה במעגל סגור לחדרי הבית השונים, וגם לדירות השכנים.

הרב צבי יהודה היה מאפשר לתלמידים חופש בחירה בנוגע לתכני הלימוד, אך הקפיד מאוד שתלמידי הישיבה ילמדו את הספר "שמירת הלשון", העוסק בדיני לשון הרע, ואף קבע לכך "סדר" מיוחד כחצי שעה בכל יום לפני תפילת מנחה.

במשך הזמן שילב הרב צבי יהודה את בוגרי הישיבה בתחומי עיסוק שונים. הראשון שהוא ראה לנכון לאפשר לו לתת שיעורים לציבור הרחב היה הרב חיים דרוקמן. כמו כן הטיל הרב צבי יהודה בשנת ה'תש"ל (1970) על הרבנים הרב אריה שטרן והרב יוחנן פריד את הקמתו של מכון הלכה ברורה לפי חזונו של הראי"ה, על מנת להשלים את המפעל של אביו. גם כיום עומד הרב אריה שטרן בראש המכון. לרמי"ם ומלמדי אמונה בישיבה מינה הרב צבי יהודה את הרבנים הרב צבי ישראל טאו, הרב יהושע צוקרמן, הרב זלמן ברוך מלמד, הרב חיים שטיינר, הרב מרדכי שטרנברג, הרב עמיאל שטרנברג, הרב מיכאל הרשקוביץ, הרב עודד וולנסקי והרב יעקב לבנון. עם הזמן שלח הרב צבי יהודה את הרבנים הרב חיים דרוקמן, הרב אליעזר ולדמן, הרב דב ליאור, הרב זלמן ברוך מלמד, הרב צפניה דרורי ואחרים, להקים ישיבות נוספות, צעד שהביא להקמתם של מוסדות ישיבתיים דתיים רבים, ותרם גם לחיזוק מעמדה של הישיבה.

בשדה החינוך הקימו בני הישיבה מספר מוסדות חינוכיים בתקופה זו. המוסד הראשון שהוקם בשנת ה'תשכ"ד (1964) הוא "ישיבת ירושלים לצעירים", שקמה ביוזמתו של הרב אברהם שפירא, שהיה אז מראשי צוות ההוראה בישיבת מרכז הרב. המוסד השני - בית הספר התורני "נעם", הוקם בראשית שנת הלימודים ה'תשל"ב (1972). מוסד נוסף שהוקם על-ידי אברכי הישיבה ובוגריה מתוך מגמה לחזק את החינוך התורני כבר בגיל הרך הוא "תלמוד תורה מורשה", שנוסד בשנת תשל"ז (1977). מוסד חינוכי נוסף שהוקם מיד לאחר מלחמת יום הכיפורים, בשעה שצעירים לא דתיים רבים חפשו את זהותם היהודית, הוא ישיבת "מכון מאיר" לבעלי תשובה. כל זאת מלבד הקמת הישיבות כאמור לעיל.

בעקבותמלחמת ששת הימים, ובמיוחד לאחר מלחמת יום הכיפורים, הוביל הרצי"ה את תנועת ההתיישבות בשטחי יש"ע. תנועת גוש אמונים שהורכבה בעיקר מתלמידיו, שינתה למעשה את התודעה של הציונות הדתית, מנחיתות כלפי החילונים, להרגשה של מנהיגות והובלה. בכך הפך הרב צבי יהודה את הישיבה למובילה בציבור הדתי-לאומי, ובציבור הישראלי בכלל.

מעורבות תלמידי הישיבה במאורעות "כלל ישראליים" התרחבה גם לפעילות מאסיבית למען עליית יהודי ברית המועצות דאז. דוגמא בולטת לפעילות זו היתה מעורבותם במאבק למען שחרור אסיר ציון נתן שרנסקי(אנטולי).

מדי שנה ביום ירושלים נערכת בישיבה עצרת מרכזית גדולה לציון יום ירושלים, בהשתתפות אישי ציבור וקהל רב. במשך שנים רבות היו מגיעים לעצרת נשיא המדינה, ראש הממשלה, הרמטכ"ל, שרים וחברי כנסת. בשנים האחרונות, בעקבות מדיניות ממשלתית המנוגדת לההלכה ביחס למסירת חלקים מארץ ישראל התמעטו הגעות אלו. לאחר סיום העצרת ישנה תהלוכה מסורתית של תלמידי הישיבה לאורך ירושלים עד הכותל המערבי.

בהסכם השלום בין ישראל ומצרים גילו המנהיגים חולשה והסכימו למסור את השליטה בחצי האי סיני לידי מצרים. ממשלת ישראל החליטה לגרש מבתיהם את כל תושבי חבל ימית, ולהרוס את בתיהם עד היסוד. בני הישיבה הביעו מחאה נמרצת ופעלו בדרכים שונות לביטול רוע הגזירה. הבשורות הקשות על גירוש התושבים החמירו את מצבו הבריאותי של הרב, שעבר ניתוח קשה זמן מה קודם לכן, וביום י"ד באדר ה'תשמ"ב (1982) עלה ראש הישיבה הרב צבי יהודה קוק לגנזי מרומים.

לאחר פטירת הרצי"ה

לאחר פטירת הרב צבי יהודה, כיהנו בראשות הישיבה הגאון הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא והגאון הרב שאול ישראלי, שעוד בחיי הרצי"ה העבירו שיעורים כלליים בישיבה. בשנת ה'תשמ"ג (1983) נתמנה הרב אברהם שפירא לכהן כרב הראשי לישראל, יחד עם יבדל"א הגאון הרב מרדכי אליהו שליט"א. בשנים אלו לחם הרב בעוז להעמיד את תורת ישראל על תלה, בכל תחומי החיים במדינת ישראל. כאשר נתגלו סדקים בכונות על שמירת שלמות הארץ אצל מנהיגי המדינה, גילו שני ראשי הישיבה דעתם בתקיפות כי אין למסור שום חלק מארץ ישראל לידי נוכרים. בתקופה זו היו בני הישיבה פעילים מאד והביעו מחאות נמרצות בדרכים שונות. עיקר המאמצים בישיבה כוונו בתקופה זו לעולם העשייה החינוכית ופיתוח מנהיגות רוחנית והלכתית. בכל רחבי הארץ קמו ישיבות גבוהות, ישיבות הסדר, ישיבות תיכוניות ואולפנות לבנות. הכל בעידודם ובתמיכתם של ראשי הישיבה. בכל שבוע הועברו שני שיעורים כלליים לבני הישיבה מפי שני ראשיה. שיעור מיוחד היה מתקיים בבית הרב אברהם שפירא בכל מוצאי שבת. שיעור זה, בספר קצות החושן, אבני מילואים, מנחת חינוך, מחנה אפרים, ובחודש אלול בהלכות תשובה לרמב"ם, לא היה מוכן מראש, ולעתים היו מחליטים זמן מועט לפני השיעור סביב איזה סימן יעסוק השיעור. כאן זכו התלמידים לראות כיצד לומדים תורה. הרב היה מקשה ומתרץ שואל ומפרק בונה וסותר והתלמידים היו מטים אוזן ומביטים ברבם הגדול ולומדים לקח.לאחר השיעור היה עונה הרב שפירא לבני הישיבה על שאלות שונות, וכן היה מתיחחס למאורעות השעה.

בחורף ה'תשנ"ה (1995) חלה הרב שאול ישראלי, וב-י"ט בסיון של אותה שנה, בבוקר יום השבת פרשת "שלח-לך", נתבקש לישיבה של מעלה. אחר הסתלקותו המשיך עמיתוהרב אברהם שפירא בראשות הישיבה.

בשנת ה'תשנ"ז פרשו מהישיבה מספר רמי"ם, וביניהם הרב טאו, הרב מרדכי שטרנברג והרב עמיאל שטרנברג עם תלמידיהם בעקבות ויכוח עם הרב אברהם שפירא על הקמת מכון הוראה בישיבה, והקימו את "ישיבת הר המור" בירושלים.

בתקופת הסכמי אוסלו והסכם וואי פרסם הרב שפירא את דעת התורה לפיה אסור לחייל לעבור על דברי תורה ועליו לסרב למלא פקודת גירוש של יהודים מביתם. בתקופה בה זממו לגרש יהודים מביתם בגוש קטיף על-מנת למסור את הקרקע לנוכרים, עמד הרב שפירא בעוז כאריה על משמרתו, ולעומת כל המגמגמים והתוהים נלחם ללא חת על שלמות ארצנו הקדושה. אך באותה מידה עמד בתוקף לאחר הגירוש על כך שצריך לומר הלל ביום העצמאות ולא לשנות דבר בתפילה לשלום המדינה "ראשית צמיחת גאולתנו", ושעצם קיומה של מדינה יהודית בארץ ישראל היא עניין רוחני עצום, על ידה מתקיימת מצות ישוב ארץ ישראל.

בבוקר יום טוב ראשון של חג הסוכות, ט"ו בתשרי ה'תשס"ח (2007), לאחר מספר חדשים בהם הלך ונחלש בשל מחלה, עלה לישיבה של מעלה. הוא נטמן בהלוויה רבת משתתפים בהר הזיתים, סמוך לקברו של הרב אברהם יצחק הכהן קוק וסמוך לקבריהם של קודמו בראשות הישיבה - הרב צבי יהודה הכהן קוק, ושל קודמו ברבנות הראשית - הרב שלמה גורן.

לאחר פטירתו של הרב אברהם שפירא זצ"ל, נמסר כי בצוואתו הוריש לבנו הרב יעקב שפירא את תפקיד ראש הישיבה.

הפיגוע בישיבה

בר"ח אדר ה'תשס"ח חדר לספריית הישיבה מחבל ארור שירה ורצח שמונה תלמידים הי"ד. שלושה מהם מתלמידי הישיבה, וחמישה מהם מישיבת ירושלים לצעירים (ישל"צ) הסמוכה. המחבל חוסל בידי הרב יצחק דדון, אברך בישיבה, ועל ידי דוד שפירא, קצין צה"ל שהתגורר בסמוך. לזכרם של הנרצחים מוציאים קבוצת תלמידים מהישיבה סדרת חוברות לימוד יומי לנוער - "בשביל הנשמה"^[16], כל חוברת עסקת בנושא אמוני כגון תפילה, צניעות ותשובה.

ראשי הישיבה לדורותיה

• הרב אברהם יצחק הכהן קוק (הראי"ה) – רבה האשכנזי הראשי הראשון של ארץ ישראל, ראב"ד האשכנזים בירושלים ומייסד הישיבה וראשה בשנים תרפ"ד-תרצ"ה (1924-1935).
• הרב אברהם אהרון בורשטיין (הגאון מטבריג) – מחבר ספר "נר אהרון" ראש הישיבה לצד הרב קוק בשנים תרפ"ד-תרפ"ו (1924-1925).
• הרב יעקב משה חרל"פ – רבה של שכונת "שערי חסד", וראש ישיבת "בית זבול", ראש הישיבה בשנים תרצ"ה-תשי"ב (1935-1952).
• הרב צבי יהודה הכהן קוק (הרצי"ה) – בנו של הראי"ה וראש הישיבה בשנים תשי"ב–תשמ"ב (1952-1982).
• הרב שאול ישראלי - רבו של מושב כפר הרוא"ה, חבר בית הדין הגדול, וחבר מועצת הרבנות הראשית לישראל, וראש הישיבה בשנים תשמ"ב–תשנ"ה (1982-1995).
• הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא (רב אברום) – הרב הראשי לישראל (תשמ"ג-תשנ"ג) וראש הישיבה בשנים תשמ"ב–תשס"ח (1982-2007).
• הרב יעקב שפירא - בנו של הרב אברהם שפירא. נמסר כי בצוואתו הוריש הרב אברהם שפירא לבנו הרב יעקב שפירא את תפקיד ראש הישיבה.

רבני הישיבה הבולטים בתולדותיה

לימודי גמרא והלכה

• הרב יצחק אריאלי - מחבר ספרי "עינים למשפט" על הש"ס, "משגיח" בישיבה.
• הרב שלום נתן רענן - חתנו של הראי"ה קוק, ר"מ ומנהל הישיבה.
• הרב יעקב כלאב - ר"מ בישיבה.
• הרב מרדכי פרום - חתנו של הרב שלום נתן רענן, ר"מ בישיבה.
• הרב דב ליאור - רב העיר קרית ארבע, ר"מ בישיבה.
• הרב חיים שטיינר - ראש ישיבת עטרת נחמיה בתל אביב, מרבני מפלגת תקומה, ר"מ בישיבה.
• הרב זלמן ברוך מלמד - רבה של בית אל, וראש הישיבה שם, ר"מ בישיבה.
• הרב מרדכי שטרנברג - ראש ישיבת הר המור, ר"מ בישיבה.
• הרב עמיאל שטרנברג - ראש ישיבת הר המור, ר"מ בישיבה.
• הרב אריה שטרן - ראש מכון הלכה ברורה ובירור הלכה, ר"מ בישיבה.
• הרב מיכאל הרשקוביץ - רב היישוב נריה, ר"מ בישיבה.
• הרב חיים כ"ץ - לשעבר ראש ישיבת הכותל, ר"מ בישיבה.
• הרב יהושע מגנס - ראש האולפנית בתל אביב ואחראי על תוכנית "הסדר מרכז", ר"מ בישיבה.

לימודי אמונה

• הרב דוד כהן, "הרב הנזיר" – לימד אמונה בישיבה מייסודה ועד לפטירתו בשנת תשל"ב.
• הרב חיים דרוקמן - ראש ישיבת אור עציון, לימד אמונה בישיבה.
• הרב צבי טאו - נשיא ישיבת הר המור, לימד אמונה בישיבה.
• הרב עוזי קלכהיים – מחבר הספרים "אדרת האמונה", "שירת האומה לארצה", "באר מגד ירחים", ו"ארץ מול שמים", לימד אמונה בישיבה.
• הרב יעקב פילבר - מחבר הספרים "איילת השחר", "חמדת הימים", "קדושה ומלכות", וביאור ל"אורות התשובה", מלמד אמונה בישיבה.
• הרב יהושע צוקרמן - מלמד אמונה וגמרא בישיבת הר המור, לימד אמונה וגמרא בישיבה.
• הרב עודד וולנסקי - מלמד אמונה בישיבת הר המור, לימד אמונה בישיבה.
• הרב אליקים לבנון - רב היישוב אלון מורה, לימד אמונה בישיבה.
• הרב יעקב לבנון - מלמד אמונה בישיבת הר המור, לימד אמונה בישיבה.
• הרב דוד חי הכהן - רב שכונה בבת ים, מלמד אמונה בישיבה.
• הרב אלישע וישליצקי - ראש בית מדרש "מהות", ראש תנועת אל עמי, לימד אמונה בישיבה.
• הרב אלישע אבינר - ראש הכולל בישיבת מעלה אדומים, מלמד אמונה בישיבה.

מבוגרי הישיבה

• הרב שאול ישראלי זצ"ל - ראש ישיבת מרכז הרב, רבה של כפר הרא"ה, וחבר מועצת הרבנות הראשית לישראל.
• הרב יוסף קאפח זצ"ל - חבר בית הדין הגדול.
• הרב שבתי אטון זצ"ל, ראש ישיבת ראשית חכמה.
• הרב משה צבי נריה זצ"ל - ראש ישיבות בני עקיבא.
• הרב ישעיהו משורר - אב"ד פתח תקווה, חבר בית הדין הגדול בירושלים, רב שכונות מחנה יהודה ושעריה בפתח תקוה.
• אלוף דוד רזיאל הי"ד - מפקד האצ"ל שנהרג בפעולה בעיראק.
• מר עזריאל קרליבך - המייסד והעורך הראשון של העיתון מעריב.
• מר יחיאל אהרון אליאש - מייסד תנועת הנוער הציונית דתית בני עקיבא, הפלוגות הדתיות בהגנה ותנועת הספורט אליצור.

בתקופת הרב צבי יהודה - בוגרים מבוגרים

• הרב דב ליאור - רבה של חברון וקרית ארבע, וראש ישיבת ניר קרית ארבע.
• הרב פרופ' נחום רקובר - חתן פרס ישראל, ומשנה ליועץ המשפטי לממשלה.
• הרב יהושע רוזן - ר"מ בישיבת ירושלים לצעירים.
• הרב חיים דרוקמן - ראש ישיבת אור עציון, וראש ישיבות בני עקיבא.
• הרב צבי ישראל טאו - נשיא ישיבת הר המור.
• הרב אליעזר ולדמן - ראש ישיבת ניר קרית ארבע.
• הרב יעקב אריאל - רבה של רמת גן ונשיא הישיבה שם.
• הרב זלמן ברוך מלמד - רבה שלבית אל, וראש הישיבה שם.
• הרב חיים שטיינר - ר"מ בישיבת מרכז הרב.
• הרב יעקב פילבר - מלמד אמונה בישיבת מרכז הרב.
• הרב צפניה דרורי - רבה שלקרית שמונה וראש הישיבה שם.
• הרב יוסף ברמסון - ר"מ בישיבת ירושלים לצעירים.
• הרב משה לוינגר - ממחדשי היישוב היהודי בחברון, ומראשי "גוש אמונים".
• הרב איסר קלונסקי - רבה של שכונת גבעת מרדכי בירושלים.
• הרב ישראל הס זצ"ל - מחבר ספרים באמונה.
• הרב איתן אייזמן - ראש מוסדות "צביה" ומוסדות "נעם".
• הרב בנימין הרלינג הי"ד - ראש הכולל באלון מורה.
• הרב חיים גנץ - ראש ישיבת מעלה אליהו.
• הרב מנחם ליבמן - ראש כולל האידרא.
• הרב יוחנן פריד - רב המושב בית מאיר, לשעבר מנהל האגף לתרבות תורנית במשרד החינוך.
• הרב דוד חי הכהן - ראש מוסדות "אורות התורה" בבת ים, וראש ישיבת נתיבות ישראל בבת ים.

בתקופת הרב צבי יהודה - בוגרים צעירים

• הרב עודד וולנסקי - מלמד אמונה בישיבת הר המור ובישיבת שבי חברון.
• הרב אליקים לבנון - ראש ישיבת ברכת יוסף באלון מורה, ורב היישוב אלון מורה-שכם.
• הרב יחזקאל דאום זצ"ל - רבה של תנובה.
• הרב זאב סולטנוביץ' - ר"מ בישיבת הר ברכה, לימד ומלמד בישיבת מרכז הרב, בבית מורשת אצ"ג ובמכללה למדינאות יהודית.
• הרב יעקב לבנון - מלמד אמונה בישיבת הר המור ובישיבת שבי חברון.
• הרב חיים אביהוא שוורץ - ר"מ בישיבת בית אל, ומלמד אמונה בישיבת מרכז הרב.
• הרב אלישע וישליצקי - ראש בית המדרש "מהות" ומרצה ליהדות.
• הרב משה בלייכר - ראש ישיבת שבי חברון.
• הרב חיים כ"ץ - ר"מ בישיבת מרכז הרב ובישיבת בית אל.
• הרב אליעזר מלמד - ראש ישיבת הר ברכה ורב היישוב, ומייסד תנועת אריאל.
• הרב צבי קוסטינר - ראש ישיבת מדברה כעדן במצפה רמון.
• הרב שמואל אליהו - רב העיר צפת.
• הרב יצחק שפירא - ראש ישיבת עוד יוסף חי ביצהר.
• הרב שבתי סבתו - ראש מוסדות קריית משה במצפה יריחו ורב בישוב בית אל.
• הרב יהודה חזני - מראשי גוש אמונים.
• הרב חנן פורת - ח"כ לשעבר, וראש תנועת אורות.
• הרב שלמה אבינר - ראש ישיבת עטרת כהנים, ורבה של בית אל א'.
• הרב אלי סדן - ראש המכינה קדם צבאית "בני דוד" ביישוב עלי.
• הרב יצחק וולברשטין - ראש הכולל בעצמונה, ועתה בשומריה.
• הרב ראובן פרינס - ראש ישיבת הדרום ברחובות
• הרב יעקב פינגבוים - ראש המכינה הקדם צבאית קשת יהודה.
• הרב עדיאל דומוביץ' - ראש הכולל בגוש טלמונים.
• הרב שמעון אדלר - מנהל האגף לחינוך דתי במשרד החינוך.
• הרב פרופ' אליאב שוחטמן - דיקן מכללת שערי משפט.
• הרב שלמה שפירא - דיין בבית הדין בנתניה.
• הרב יגאל לרר - דיין בבית הדין בבאר שבע.
• הרב יוסף וייצן - רבה של פסגות.
• הרב דוד סתו - ראש ישיבת ההסדר על שם זבולון המר בפתח תקוה.
• ר' יעקב כ"ץ [כצל'ה] - יו"ר מפלגת האיחוד הלאומי, מייסד ערוץ 7.
• ר' אפי איתם - חבר כנסת ושר לשעבר, תא"ל במיל' בצה"ל, יו"ר מפלגת ציונות דתית לאומית מתחדשת.
• הרב בנימין אלון - חבר כנסת ושר לשעבר, יו"ר מפלגת מולדת וסיעת האיחוד הלאומי.
• הרב פרופ' דניאל הרשקוביץ - רבה של שכונת אחוזה בחיפה ופרופסור למתמטיקה בטכניון, ויו"ר מפלגת "הבית היהודי".
• פרופ' בן ציון אליאש - עו"ד ומרצה למשפטים באוניברסיטת תל אביב.

לאחר תקופת הרב צבי יהודה

• הרב פרופ' נריה גוטל - ראש מכללת אורות ישראל באלקנה.
• הרב מאיר פרימן - דיין בבית הדין בחיפה.
• הרב יצחק דור - ראש הישיבה התיכונית חורב.
• הרב אריה רוזנברג - ר"מ בישיבת דרך חיים.
• הרב הראל ברטפלד - ר"מ בישיבת דרך חיים.

הערות שוליים